菌种是污水处理中中不可或缺的一环。不同的菌种对污水的处理效果有着明显的差异，下面将分析污水处理中常用的菌种的优缺点。
1. 好氧菌
好氧菌是需要氧气存在的菌种，最主要的功能是将污水中的有机物、氨氮等转化为硝酸盐、硫酸盐等无害化物质，从而净化水质。好氧菌数量的增加，污水中有机物的分解速度也会越快，处理效果越好。好氧菌活跃温度一般适应在15℃-30℃之间，因此在寒冷季节需要特别注意加强好氧菌的投放量。
2. 厌氧菌
厌氧菌是在无氧情况下生存的菌种，其主要作用是将无机物质分解为可供其他菌种分解的有机物质，同时该过程也释放出一些污染物质，如硫化氢等有害物质。因此，在污水处理中，厌氧菌不宜过多，正确的使用方法是只在特定情况下使用，如在厌氧污泥法处理生活污水时。
3. 嗜酸菌
嗜酸菌是一种酸性菌，最适合在PH为4.5-6.5的环境中繁殖生长。其主要作用是将有机酸化合物转化为醋酸、甲烷等化合物，为后续处理提供条件。嗜酸菌对反应环境较为敏感，一旦处理环境的PH值或温度过高或过低，都会影响它们的生长繁殖。
4. 好厌氧菌
好厌氧菌是在厌氧、好氧条件下均能生存的一种菌群，根据不同的处理情况，可分为两类：兼性好厌氧菌和好厌氧菌。 兼性好厌氧菌在环境变化比较大的情况下，也能努力适应环境，继续进行污水处理。好厌氧菌具有厌氧原性和好氧原性。若厌氧条件不能满足生长需要，可以在氧气充足的情况下生存，能够极好地适应不同条件下的处理水平。但由于其本身生境较为宽泛，因此，对待水质的处理效果无法与专业的单一菌种相比。
在污水处理中应根据实际情况选择合适的菌种投放。例如，在处理污泥时，采用厌氧菌进行处理可以有效地降解污泥，而在处理有机物时，好氧菌更加适宜。因此，合理的菌种投放量和投放方法，将直接影响到处理效果。
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